这一季的故事发生在上一季的3年后。这一季里,托尼(卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰)和米歇尔(蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰)结婚了,并且成为了CTU的主管,而杰克(基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰)的女儿金姆也加入CTU成为了一 名情报分析员。剧情由一具被扔在洛杉矶卫生中心外并感染了致命病毒的尸体开始。一个墨西哥毒枭为了让美国政府释放自己的哥哥,以致命病毒为恐吓。杰克也因此又踏上了反恐调查之路。而这一季里面,杰克的调查并不顺利,为了打入毒贩内部,杰克不惜染上毒瘾,这导致他在调查中困难重重。而白宫方面,获得连任的鲍尔默总统(丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰)康复后身边多出了一位私人医生女友,而总统的弟弟韦恩成为了他的得力助手,在连任压力面前,又要化解这场生化危机。总统还能像前几次那样给予杰克强有力的支持吗?
马兰达(凯特·阿什菲尔德 Kate Ashfield 饰)在机缘巧合之中结识了名为布兰登(大卫·田纳特 David Tennant 饰)的男子,两人迅速坠入了爱河。之后,马兰达意外的发现布兰登竟然偷看自己的日记,感到隐私遭到侵犯的马兰达选择了分手。
分手之后,布兰登并没有从马兰达的生活中消失,正相反,他居然和马兰达的妹妹走到了一起,不仅如此,温文尔雅的布兰登还受到了马兰达家人的热情欢迎,只有马兰达一人始终怀疑,布兰登的所作所为是另有所图。马兰达想方设法的想要在家人面前揭穿布兰登的真面目,却屡次以失败告终,还引起了亲人们对她的反感,单纯的马兰达能否斗得过老奸巨猾的布兰登?